O acompanhamento clínico faz-se necessário nos momentos de doença aguda e em sua fase de recuperação, seja em situações de tratamentos ambulatoriais (domicílio) ou após internações hospitalares. A sua finalidade é avaliar a resposta ao tratamento instituído e a possibilidade de ocorrência de algum prejuízo à saúde da criança e do adolescente pela doença em questão.

Do mesmo modo, aquelas crianças portadoras de doenças crônicas, tais como cardiopatias, anemias, doenças respiratórias, doenças renais, diabetes e doenças neurológicas, dentre outras, também necessitam de acompanhamento clínico pediátrico. Nesse caso, objetiva-se avaliar a estabilidade clínica e a resposta aos medicamentos em uso, com ajustes das doses; realizar exames periódicos importantes para a compreensão da evolução da doença; investigar o comprometimento de outros órgãos; e, ainda, orientar sobre prevenção de agravos.